Του έλιωνε ο πυρετός το σώμα, αλλά τον έδεσαν και τον πήγαν στο Γουδή να τον εκτελέσουν

Δεν μπορούσε να σταθεί από τον πυρετό, αλλά τον σήκωσαν. Ο Δημήτριος Γούναρης οδηγήθηκε για εκτέλεση, λίγες ώρες μετά την καταδίκη του
Ο Δημήτριος Γούναρης βρισκόταν στην κλινική Ασημακοπούλου, με πυρετό πάνω από 40, διαγνωσμένος με βαριά μορφή τύφου. Είχε εξαντληθεί σωματικά και ψυχικά από την πολυήμερη δίκη των Έξι, στην οποία κατηγορούνταν για εσχάτη προδοσία λόγω της Μικρασιατικής Καταστροφής. Δεν είχε δώσει το παρών σε όλες τις συνεδριάσεις λόγω της κατάστασής του, αλλά είχε προλάβει να υπαγορεύσει μια απολογία 67 σελίδων, γεμάτη επιχειρήματα και αξιοπρέπεια.Ξημέρωνε 15 Νοεμβρίου 1922, όταν τον ξύπνησε ο ταγματάρχης Κατσαγιαννάκης. Παρά τις εντολές των γιατρών να μη μετακινηθεί, του ζητήθηκε να ντυθεί. Ο ίδιος προσπαθούσε να φορέσει τα ρούχα του με κόπο, ενώ το σώμα του έτρεμε. Όταν καθυστέρησε, ο ταγματάρχης τον απείλησε πως θα τον πάρει γυμνό αν δεν τελείωνε. Τον πήγαν κουτσαίνοντας στις φυλακές Αβέρωφ για να του ανακοινώσουν την απόφαση.
Στις 9 το πρωί, το έκτακτο στρατοδικείο ανακοίνωσε πως έξι από τους οκτώ κατηγορουμένους καταδικάζονται σε θάνατο. Μαζί με τον Γούναρη, οι Πρωτοπαπαδάκης, Μπαλτατζής, Θεοτόκης, Στράτος και Χατζανέστη. Η απόφαση είχε παρθεί από καιρό, το κατηγορητήριο ήταν αδύναμο, η διαδικασία βιαστική, και κάθε έννοια υπεράσπισης είχε ακυρωθεί. Ο ίδιος είχε πει νωρίτερα: «Δεν έχει τίποτε που να στηρίζεται μέσα εις το κατηγορητήριον και αυτό με ανησυχεί».
Λίγες ώρες αργότερα, στις 11:27, ο Δημήτριος Γούναρης εκτελέστηκε στο Γουδή. Δεν δέχτηκε να του δέσουν τα μάτια. Παρών ήταν μόνο ένας ιερέας, ο ξάδερφός του Ιωάννης Βλάχος και ελάχιστοι συγγενείς. Η ταφή έγινε στο Α’ Νεκροταφείο με συνοπτικές διαδικασίες, χωρίς ψάλτες, με εντολή να έχουν τελειώσει όλα πριν τις 3 το μεσημέρι.
Στην προσωπική του διαθήκη άφηνε τη μικρή του περιουσία στην οικογένεια του γαμπρού του και τη βιβλιοθήκη του στο Δήμο Πατρέων. Στον τόπο της εκτέλεσης χτίστηκε αργότερα μικρός ναός με έρανο. Χρόνια μετά, ο Βενιζέλος παραδέχτηκε δημόσια: «Ουδείς εκ των ηγετών της παράταξης Γούναρη μπορεί να κατηγορηθεί για εσχάτη προδοσία. Ήταν γνήσιος Έλλην».
Ο ανιψιός του, Παναγιώτης Κανελλόπουλος, είπε απλά: «Ο Βενιζέλος ήταν τυχερός. Ο Γούναρης ήταν άτυχος».